Do podstawowych zadań Działu Kosztów należy:
- prowadzenie ewidencji księgowości w ujęciu analitycznym i syntetycznym wynikającym z zakładowego planu kont,
- prowadzenie szczegółowej ewidencji prac naukowo-badawczych, w szczególności: sprawdzanie, rozliczanie, rezerwowanie środków,
- opracowywanie okresowych analiz kształtowania się kosztów prac naukowo-badawczych,
- sporządzanie sprawozdawczości z działalności naukowo-badawczej i umownej,
- prowadzenie i rozliczanie w ewidencji finansowo-księgowej programów Unii Europejskiej,
- prowadzenie i rozliczanie w ewidencji finansowo-księgowej umów Ministerstwa Zdrowia dotyczących współpracy naukowej i naukowo-technicznej z zagranicą,
- prowadzenie szczegółowej ewidencji remontów budynków i budowli w ujęciu obiektowym i poszczególnych wykonawców,
- dekretowanie dowodów księgowych,
- rozliczanie działalności usługowej,
- rozliczanie kosztów transportu,
- prowadzenie ewidencji kosztów w układzie rodzajowym i kalkulacyjnym,
- prowadzenie rozliczeń finansowych:
- stypendiów studenckich,
- lekarzy stażystów i studentów obcokrajowców,
- wynagrodzeń pracowników Akademii na podstawie dokumentów przekazanych przez Dział Płac,
- depozytów,
- studiów niestacjonarnych,
- studiów podyplomowych,
- prowadzenie ewidencji wydatków z „dydaktyki płatnej” Biblioteki Głównej.
